የፌደራል የሥነምግባርና የፀረ-ሙስና ኮሚሽን ለክልሎች አስፈላጊ የምክርና የድጋፍ አገልግሎት የመስጠት ኃላፊነት እንዳለበት በአዋጅ ቁጥር 433/97 በአንቀፅ 7 15 ላይ ተደንግጓል፡፡ ኮሚሽኑም ይህን ኃላፊነቱን በተቀናጀ መልክ መወጣት ይችል ዘንድ የክልል ግንኙነት ጉዳይ ጽ/ቤት አቋቁሟል፡፡ 

የጽህፈት ቤቱ ተጠሪነት ለምክትል ኮሚሽነሩ ሲሆን ለክልሎች ከሚያደርገው ድጋፍ መካከል የየራሳቸው የሥነምግባርና የፀረ-ሙስና አካላት እንዲያቋቁሙና በተገቢው መምራትና ማስተዳደር እንዲችሉ እንዲሁም የክልል ኮሚሽኖች በተለያየ ወቅት የሚያቀርቧቸውን የድጋፍ ወይም የትብብር ጥያቄዎችን አግባብነት በመገምገም ተገቢ መልስ እንዲያገኙ ማስቻል ተጠቃሽ ነው፡፡ ከዚህ በተጨማሪ የኮሚሽኑ አካላት ከክልል ኮሚሽኖች ጋር በጋራ ሊያከናውኗቸው የሚገቡ ተግባራትን በማቀናጀት ተግባራዊ ስለሚሆኑበት ሁኔታ ከክልል ኮሚሽኖች ጋር የመወያየትና የጋራ ዕቅድ የሚወጣበትን ሁኔታ ማመቻቸት ሌላው የጽ/ቤቱ ተግባር ነው፡፡ በሌላ በኩል የራሳቸውን ኮሚሽን ባላቋቋሙ ክልሎች መልካም ሥነምግባርን ከማስፋፋት፣ ሙስናን ከመከላከልና የሙስና ወንጀልን ከመመርመር አንፃር ኮሚሽኑ ስለሚያደርገው ድጋፍ የማጥናት፣ የማስወሰን፣ ተግባራዊነቱን የመከታተል እና የክልል ኮሚሽን ሠራተኞች በውጭ አገር ሥልጠና ወይም ልምድ የሚያገኙበትን ሁኔታ የማመቻቸት ተግባራትን ማከናወን ለጽ/ቤቱ የተሰጠ ሌላው ተግባር ነው፡፡

ለክልል ኮሚሽኖች ስለሚሰጥ ድጋፍ በጥናት ላይ የተመሰረተ ሃሳብ በየወቅቱ የማቅረብና ሲወሰንም ተግባራዊነቱን የመከታተል ኃላፊነት የተሰጠው ለዚሁ ለክልል ጉዳይ ጽ/ቤት ሲሆን ለክልል ኮሚሽኖች የሚሰጠው ድጋፍ እና የሥራ ትብብርም በአብዛኛው ሥልጠና በመስጠት፣ በምክር አገልግሎት፣ በጋራ የትብብር ሥራዎች በመሳተፍ እና በአንድ ክልል የተገኘ ልምድን ወደሌላው በማስተላለፍ ላይ ያተኮረ ነው፡፡